南通市社会福利院始建于1906年，其前身系清末状元、近代著名爱国实业家、教育家张謇先生所创办的全国第一所私立育婴堂。随后，张謇先生又相继在城南建立了养老院、残废院。
1938年，位于唐闸鱼池港的育婴堂遭日寇焚毁，于1940年将育婴堂迁至城南养老院（现为南通医学院部分校区）。
1952年由政府接管改为公办，几经合并后于1963年更名为南通市社会福利院，2011年增挂南通市儿童福利院、南通市儿童福利服务指导中心牌子，为政府全额拨款的纯公益型事业单位。改革开放以后，市委、市政府非常关心社会福利院的发展，1997年市委、市政府决定在文峰街道五一村异地新建儿童福利院，2004年6月，总投资1400多万元的儿童院投入使用。
1952年以来，福利院已先后收养“三无”老人、孤残儿童16000余名，为发展社会慈善事业、保持社会稳定、促进社会和谐发展作出了应有的贡献。近年来，在社会各界的关心和支持下，福利院大力弘扬“心系老幼、积慈献爱”单位精神，积极创建“侍老人如父母、育儿童如己幼”的服务品牌，先后被评为省级行风建设示范单位、省级涉外收养工作先进单位、民政系统先进单位。
经过多年来的发展，南通市社会福利院已成为集收养、功能训练、康复治疗于一体的全市最大的综合性社会福利机构。